- 學科建設發展規劃處網站發展規劃處作為總體協調學校發展改革的行政部門，主要行使政策研究、規劃管理、“雙一流”與學科建設等職能，下設規劃與政策研究辦公室、“雙一流”與學科建設辦公室。
- 科學研究科技處網站科技處負責學校科技規劃與政策制度的制定，科研項目組織申報與管理，科研成果申報、評價與管理，科研基地、科研機構、科研團隊統籌與監管，科研信息化建設，科技檔案管理，高水平學術交流平臺搭建，校學術委員會工作的組織協調，科研誠信宣教與管理，醫學倫理審查與監管等。國家重點實驗室籌備辦公室掛靠科技處，負責國家重點實驗室籌建相關工作。
- 學術期刊期刊中心網站期刊中心所屬有《北京中醫藥大學學報》《中醫教育》《現代中醫臨床》《中醫科學雜志（英文）》4本期刊，均為教育部主管北京中醫藥大學主辦的高水平中醫藥科技刊物。為提高期刊的信息化水平，4本期刊均采用了網上采編系統。期刊采編系統實現了從作者投稿到編輯收稿、外審專家審稿、主編簽發、作者修稿、編輯加工、發排出版等全程網絡管理，是科技期刊適應網絡時代的新模式。